東南大學總共有83個專業(yè)。

東南大學本科專業(yè)有79個：醫(yī)學檢驗、護理學、臨床醫(yī)學與醫(yī)學技術、勘查技術與工程、材料科學與工程、機械設計制造及其自動化、材料成型及控制工程、預防醫(yī)學、工業(yè)設計、臨床醫(yī)學、機械電子工程、醫(yī)學影像學、測控技術與儀器、熱能與動力工程、建筑環(huán)境與設備工程、生物醫(yī)學工程、傳感網技術、旅游管理、自動化、測繪、計算機科學與技術、電子商務、生物工程、經濟學、給水排水工程、電氣工程與自動化、化工與制藥、物流管理、信息工程、國際經濟與貿易、機械工程及自動化、勞動與社會保障、金融學、軟件工程、港口航道與海岸工程、電子科學與技術、經濟學、寶石與材料工藝學、電氣信息工程、工商管理、信息管理與信息系統(tǒng)、道路橋梁與渡河工程、建筑學、行政管理、電氣工程及其自動化、城市規(guī)劃、工商管理、測繪工程、工業(yè)工程、管理科學與工程、土木工程、環(huán)境工程、工程管理、法學、化學工程與工藝、景觀學、會計學、新能源材料與器件、社會學、交通運輸、交通工程、工程力學、政治學與行政學、光信息科學與技術、科學教育、物理學、人文科學試驗班、理科試驗班、漢語言文學、信息與計算科學、數(shù)學與應用數(shù)學、應用物理學、藝術設計、地理信息系統(tǒng)、英語、電子信息科學與技術、光電子技術科學、數(shù)學、日語。

東南大學其他專業(yè)有4個：土建、交通運輸、能源動力、機械。