南方醫(yī)科大學總共有46個專業(yè)。

南方醫(yī)科大學本科專業(yè)有45個：口腔醫(yī)學本科、臨床醫(yī)學（醫(yī)學博士學位）、公共事業(yè)管理（醫(yī)院管理）、藥物制劑本科、臨床醫(yī)學本科、臨床醫(yī)學（卓越創(chuàng)新班）本科、法醫(yī)學本科、臨床醫(yī)學（臨床心理）本科、市場營銷（醫(yī)藥市場營銷）、生物醫(yī)學工程（本碩連讀）本科、電子信息工程本科、法學本科、臨床醫(yī)學（輸血醫(yī)學）本科、生物醫(yī)學工程（醫(yī)學影像工程）本科、法學（衛(wèi)生監(jiān)督與管理）、生物醫(yī)學工程（醫(yī)學信息工程）本科、臨床醫(yī)學(婦幼醫(yī)學)本科、生物醫(yī)學工程（醫(yī)學物理師）本科、藥學本科、生物醫(yī)學工程（醫(yī)學儀器檢測）本科、生物信息學本科、經(jīng)濟學（衛(wèi)生經(jīng)濟）本科、臨床醫(yī)學（臨床病理）本科、應用心理學本科、預防醫(yī)學本科、中藥學本科、基礎(chǔ)醫(yī)學本科、藥學（藥物化學）本科、中醫(yī)學本科、醫(yī)學影像學本科、中西醫(yī)臨床醫(yī)學本科、中醫(yī)學（針灸推拿）本科、藥學（臨床藥學）本科、商務英語本科、康復治療學本科、英語（醫(yī)學英語）本科、護理學本科、英語（英語翻譯）本科、護理學（助產(chǎn)）本科、生物技術(shù)本科、生物技術(shù)（生物制藥）本科、中藥制藥本科、應用統(tǒng)計學（生物統(tǒng)計）本科、醫(yī)學檢驗技術(shù)本科、醫(yī)學實驗技術(shù)本科。

南方醫(yī)科大學專科專業(yè)有1個：護理?？?。