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北京中醫(yī)藥大學2021在全國本科院校排名第171位，強于第172名的南京中醫(yī)藥大學，第173名的河南理工大學，第174名的廣西師范大學，第175名的四川農業(yè)大學，第176名的江蘇師范大學。在北京排第31名，強于第32名的北京體育大學，第33名的北京外國語大學，第34名的外交學院，第35名的首都經濟貿易大學，第36名的北京聯合大學。

綜合實力排名（校友會版）

在全國本科院校排名第85位，在北京排第18名。

綜合實力排名（軟科版）

在全國本科院校排名第86位，在北京排第19名。