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在全國本科院校排名第761位，在新疆排第10名。

綜合實力排名（校友會版）

昌吉學院2021在全國本科院校排名第451位，強于第465名的南昌師范學院，第465名的齊魯師范學院，第465名的呼和浩特民族學院，第465名的四川民族學院，第465名的四川文理學院。在新疆排第10名，強于第11名的新疆政法學院，第12名的新疆理工學院，第13名的新疆科技學院。

綜合實力排名（軟科版）

昌吉學院2021在全國本科院校排名第571位，強于第572名的瓊臺師范學院，第573名的鄂爾多斯應用技術學院，第574名的黑龍江工業(yè)學院，第575名的新疆政法學院，第576名的山西能源學院。在新疆排第10名，強于第11名的新疆政法學院。