石河子大學總共有93個專業(yè)。

石河子大學本科專業(yè)有84個：歷史學、動物科學、動物醫(yī)學、臨床醫(yī)學、藥學、護理學、中藥學、預防醫(yī)學、農(nóng)業(yè)機械化及其自動化、農(nóng)學、經(jīng)濟學、農(nóng)林經(jīng)濟管理、口腔醫(yī)學、園藝、工業(yè)工程、物流管理、統(tǒng)計學、植物保護、機械設計制造及其自動化、旅游管理、醫(yī)學影像學、林學、信息管理與信息系統(tǒng)、審計學、化學工程與工藝、工商管理、農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、思想政治教育、醫(yī)學檢驗、園林、法學、市場營銷、農(nóng)業(yè)水利工程、種子科學與工程、政治學與行政學、電子信息工程、建筑學、會計學、教育學、計算機科學與技術、設施農(nóng)業(yè)科學與工程、水利水電工程、體育教育、財務管理、電氣工程及其自動化、運動訓練、國際經(jīng)濟與貿(mào)易、電子商務、食品質量與安全、土木工程、人力資源管理、給水排水工程、環(huán)境工程、金融學、公共事業(yè)管理、材料科學與工程、食品科學與工程、資源環(huán)境與城鄉(xiāng)規(guī)劃管理、生物技術、美術學、應用心理學、英語、應用化學、學前教育、俄語、地理信息系統(tǒng)、地理科學、漢語言（維語方向）、信息與計算科學、教育技術學、藝術設計學、輕工紡織食品、科學教育、英語（商務英語方向）、數(shù)學與應用數(shù)學、應用物理學、漢語言、生物科學類（生物科學、生物技術）、物理學、化學、漢語言文學、生物科學、廣播電視新聞學、音樂學。

石河子大學?？茖I(yè)有6個：建筑工程技術、護理、藥學、數(shù)控技術、機電一體化技術、旅游管理。

石河子大學其他專業(yè)有3個：工商管理、經(jīng)濟學、生物科學。